Madrasah Aliyah (MA)

Selain sekolah menengah umum. Di Kota Malang juga terdapat Madrasah Aliyah (MA) Negeri dan Swasta. Berbeda dengan SMA dan SMK yang berada di bawah naungan Dinas Pendidikan, Madrasah Aliyah berada di bawah naungan Kementerian Agama. Madrasah Aliyah Negeri ada tiga, yakni MAN 1 Malang, MAN 2 Malang, dan MAN 3 Malang (MAN 3 Malang lebih dikenal dengan Madrasah Terpadu karena berada dalam satu kompleks bersama MIN 1 Malang dan MTsN 1 Malang). Sebagai sekolah yang berbasis Pendidikan Agama Islam, Madrasah Aliyah di Kota Malang ini juga mampu bersaing dengan sekolah umum lainnya, bahkan mampu meraih prestasi nasional. Madrasah Aliyah Swasta lebih banyak didirikan dan dikembangkan oleh yayasan dan organisasi Islam, seperti Nahdlatul Ulama dan Muhammadiyah.