Terdapat dua sistem pengolahan air limbah di Kota Malang yaitu pengolahan secara individu di masing-masing rumah (on-site system) dan secara kolektif atau komunal (off-site system). Pengolahan air limbah dengan on-site system yang dipakai adalah jamban yang biasanya dibangun di masing-masing rumah atau di tempat-tempat tertentu dan dipakai secara bersama atau kolektif untuk beberpa rumah tangga. Sedangkan pengolahan air limbah Off-Site System sering disebut juga Istalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) Domestik. IPAL di Kota Malang ini hampir seluruhnya menggunakan sistem pengolahan secara hayati yaitu memanfaatkan mikroorganisme dalan menguraikan bahan pencemar. Beberapa IPAL di Kota Malang yang masih berfungsi dengan baik antara lain IPAL Modular Sewerage System (MSS) Ciptomulyo di Kelurahan Ciptomulyo, IPAL MSS Mergosono di Kelurahan Mergosono, IPAL hasil kerjasama antara Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) dengan Perum Jasa Tirta I (PJT I) di Kelurahan Tlogomas, dan MCK Tangki AG di Kelurahan Tlogomas.